La historia de la microbiología y de sus aplicaciones ha discurrido, durante muchos años, la cronología del desarrollo de la microbiología puede resumirse en el siguiente esquema:
1546: Girolamo Frascatoro estudia enfermedades contagiosas y propone una teoría sobre su origen.
1677-1684: Antony van Leeuwenhoek describe las primeras observaciones realizadas con microscopios caseros de los microorganismos (llamados entonces animáculos) presentes en agua de lluvia, fuentes, mar y nieve así como de muestras tomadas de materia interdental
1789: Edward Jenner estudia la resistencia a la viruela que presentaban ciertos grupos de población y comienza el desarrollo de técnicas de vacunación
1837: Lázaro Spallanzani comprobó que el tratamiento térmico repetido permitía evitar el crecimiento de microorganismos en infusiones. Supone un primer desarrollo de métodos de esterilización de líquidos
1837: Theodore Schwann realiza los primeros experimentos relacionados con la fermentación y la putrefacción originados por microorganismos
1838: Charles Cagniard-Latour, memoria sobre la fermentación alcohólica
1857-1861: Louis Pasteur realiza una serie de experimentos que demuestran el origen microbio de procesos de fermentación láctica, alcohólica, existencia de microorganismos anaerobios y demuestra que sólo puede producirse crecimiento microbio a partir de microorganismos preexistentes
1867: Joseph Lister desarrolla el principio de la asepsia en la práctica quirúrgica
1877: John Tyndall. Desarrolla un método que permite la esterilización de líquidos que contienen esporas de bacilos
1880-1881: Louis Pasteur desarrolla vacunas frente a varias enfermedades víricas
1876-1884: Robert Koch realiza varios estudios sobre los agentes causantes de diversas enfermedades infecciosas
1884: Christian Gram desarrolla su método de tinción de bacterias
1888: Maximus. V. Beijerinck descubre las bacterias que tienen las leguminosas
1889: S. Winogradsky realiza los primeros estudios sobre los efectos geoquímicos producidos por bacterias
1898: Friedrich Loeffler y F. Frosch describen el agente causante de la glosopeda (fiebre aftosa): aislamiento de virus animales
1899: M.V.Beijerinck aisló el primer virus vegetal (Mosaico del tabaco)
1908: Paul Erlich desarrolla los primeros métodos quimioterápicos
1917: F. d'Herelle descubre el primer virus bacteriano (bacteriofago)
1929: Alexander Fleming descubre la penicilina